מגדיר מינים  

כשטח מחקרי חדש בארץ, המשימה הראשונה שעמדה בפני מחמל"י הייתה להגדיר את מיני הלוויתנאים המצויים בחופי הארץ, או בהכללת יתר (היות וחלק מהמינים אינם מתקרבים לחוף), את חלקו המזרחי ביותר של הים התיכון ואת מפרץ אילת. הימצאותם של המינים יכולה להיכנס לאחת משלוש הקטגוריות:

"מאכלסים" מכוון לקיום אוכלוסייה יציבה המתרבה באזור.

"פוקדים" מכוון לשהייה זמנית או עונתית, למשל בעקבות טרף עונתי.

"תועים", המתייחסת לפרטים שמציאותם באזור חריגה והם לרוב במצב תזונתי ירוד.

נוכחות המינים מאכלסים/פוקדים נלמדת מתצפיות על פרטים במצב טוב, בלוויית גורים ובהתנהגות טריפה ו/או מהחפות (עליה של פרט חי/מת לחוף) של פרטים במצב גופני טוב ובחתך גילאים רחב. עד כה התצפיות בים הן מזדמנות ולא תמיד מיד ראשונה של היודעים לזהות מינים, או המגובים בתמונה המאפשרת זיהוי ודאי. חוסר ההזדמנות לבצע סקרים מסודרים בכל המרחב ונדירותם של חלק מהמינים גורמים לכך שהרשימה ממשיכה לגדול עם השנים.

לבד מהראשתן, לא ניתן לזהות זוויג של יונק ימי בים, אלא במקרה הנדיר בו יש חשיפה של הגחון, או כאשר הפרט מלווה בגור. לזיהוי זוויג על היבשה:

עד היום, המינים של הים התיכון אשר זוהו בוודאות ע"י חוקרי מחמל"י, לפי סדר שכיחותם, בשמם העברי, הם:

דולפינן מצוי - מין חופי, הנפוץ לכל אורך החוף, מרבית ההחפות הן של מין זה. המין היחיד שנצפה ותועד בסקרים יזומים עם סירת המחקר של מחמל"י, כשמרבית התצפיות כוללות גורים.

סטנלה מפוספסת - מין של מים עמוקים. החפות של פרטים גוססים ושל פרטים טריים, במצב גופני טוב ובכל הגילאים מתרחשות כל השנה ולאורך החוף כולו.

דולפין תלום-שן - מין של מים עמוקים שכנראה מתקרב לחוף, היות ופרטים במצב טוב נלכדו ברשתות זימים (רשת עמידה אנכית היורדת עד לקרקעית הים) קרובות לחוף. עד היום תועדו 6 פרטים, חמישה מהם גורים בני שנה ומטה, חמישה מהם מעתלית צפונה וכולם בחודשים פברואר-אפריל.

דולפין מצוי קצר חוטם - מין של מים עמוקים המתקרב לחוף. מספר תצפיות מתועדות (ע"י דייג, ע"י פקח "זיהום ים", איציק קודוביצקי וע"י עוז גופמן מנכ"ל מחמל"י) בקרבת החוף, שלוש בקרבת מכמורתנים ושתי החפות. אף לא אחד מהתיעודים כולל גורים.

גרמפוס אפור - מין של מים עמוקים. נצפה ותועד בצילומים תדיר בהפלגות מהארץ לקפריסין. שלוש החפות, אחת של נקבה גוססת (בלוויית פרט צעיר ובריא שהוחזר כנראה בהצלחה לים), משפיים וצפונה.

זיפיוס חלול-חרטום - מין של מים עמוקים, מתקרב לחוף רק באזורים עם מצוקים או קניונים תת מימיים עמוקים. אין תצפיות ודאיות, שלוש החפות, שתי החפות של פרטים בוגרים בצפון הארץ, ואחת במרכז, של פרט צעיר, גוסס וברעב קיצוני. במוזיאון אוניברסיטת ת"א קיימות מספר גולגולות של מין זה, שנאספו לפני תחילת פעילות מחמל"י.

עבשן קטלני - מין של ים פתוח. תצפית בודדת ומתועדת של אביעד שיינין במרץ 2003 על להקה של כ - 20 פרטים, 70 ק"מ מול חוף צפון הארץ, הנה הראשונה הידועה מהאזור.
החפה של פרט בודד בשמורת "דור-הבונים" בקיץ 2004.

דולפין מגובנן אינדו-פסיפי (סוסא) - מין חופי מובהק. כנראה מסתנן מדי פעם ממפרץ סואץ לים התיכון דרך התעלה. תצפיות ע"י חוקרי מחמל"י בינואר 2002, במשך מספר ימים, על פרט בודד לאורך החוף: במפרץ הדרומי של עתלית ובתוך נמלי יפו ואשדוד, בשיא סערות החורף. המאמר.

ראשתן - מין של מים עמוקים. מספר תצפיות משוערות בדרום ובמרכז הארץ. החפות של גוויות מפורקות או במצב תזונתי גרוע.

לוויתן מינקי (גוץ) - מין של ים פתוח, מתקרב לחוף. כנראה מזדמן עונתית לאזורנו בעקבות להקות דגים פלגיים (של ים פתוח). שני מקרי הסתבכות וטביעה של גורים ברשתות זימים (עכו וחיפה), אחד במצב טוב, עם עדות ליניקה זמן קצר לפני המוות. חותם גנטי שלו הראה שייכות לאוכלוסייה הצפון-אטלנטית. תצפית משוערת אחת במרכז הארץ.

לוויתן מצוי - מין של ים פתוח, נפוץ במערב הים התיכון. ההחפות אצלנו נדירות ומצב הגופות הירוד מצביע כנראה על היותם פרטים תועים, או על גופות שנסחפו מרחוק.

כלב ים נזירי
- כלב ים אנדמי לים התיכון, שנעלם מנוף החופים בישראל בסוף שנות החמישים של המאה ה-20. מין הנמצא בסכנת הכחדה ורגיש מאוד לפרטיותו ובדרך כלל מסתתר במערות מבודדות. הנקבות נמנעות להמליט או לטפל בגורים באזור אליו מגיעים בני אדם. בסוף שנת 2009 החלו להתקבל דיווחים ותצפיות על כלב ים שנראה במקומות שונים ובתחילת 2010 עדויות מצולמות מהרצלייה ומראש הנקרה הפכו את כלבי הים בישראל לעובדה. נראה שלפחות שני פרטים פוקדים את חופי הארץ.

לווייתן אפור - מין שנכחד מהאוקיינוס האטלנטי ועד היום האמינו החוקרים שהוא מצוי בלעדית באוקיינוס השקט. בתצפית שנערכה במאי 2010 זוהה ותועד בוודאות במשך שלוש שעות לווייתן אפור מול החוף בין הרצלייה ליפו. הועלו מספר השערות כיצד הגיע פרט ממין זה לחופי תל-אביב. ההסבר הרווח ביותר כרגע הוא שהלווייתן עבר לאוקיינוס האטלנטי דרך תעלה רחבה (שנוצרה בגלל ההתחממות הגלובאלית) בכיפת הקרח הצפונית והחל במסעו דרומה. את הים התיכון החשיב בטעות כנראה כמפרץ קליפורניה במכסיקו, בשל מיקומו "המתאים" יחסית.

רשימת המינים של מפרץ אילת:

שניים מהמינים שתוארו  - גרמפוס אפור ועבשן קטלני, ניתן למצוא גם במפרץ  אילת, בנוסף, נצפו:

דולפינן אנקולי - זה המין ה"מחליף" של הדולפינן המצוי באוקיאנוס ההודי ובים האדום. נפוץ ליד החופים. נצפה בחופי אילת. הדולפינה הבודדת החברותית המפורסמת "הולי", היא ממין זה.

סטנלה ברודה - הנפוץ בלוויתנאי המפרץ, במים פתוחים.

סטנלה ארוכת-חרטום - תצפית מתועדת מ - 1995 של אורית ברנע ממחמל"י הנה הראשונה הידועה מהמפרץ
.